Generalnym wykonawcą inwestycji została firma Warbud SA. Podpisanie umowy połączone z konferencją prasową miało miejsce 23 lipca 2008 r. w siedzibie Stołecznego Zarządu Rozbudowy Miasta przy ul. Senatorskiej w Warszawie.
Realizacja Centrum Nauki Kopernik składa się z dwóch etapów. W I fazie, która potrwa 16 miesięcy, Warbud wybuduje m.in.: segment A, część podziemną segmentu A i B wraz z urządzeniami i przyłączami oraz jednokondygnacyjny parking podziemny. Prace potrwają do 23 listopada 2009 r.
Zakres prac przewidzianych w II etapie, to m.in.: dokończenie budowy segmentu B oraz parkingu podziemnego jednokondygnacyjnego, budowa planetarium, zagospodarowania całego terenu wraz z Parkiem Odkrywców. Finał robót na tym etapie przewidziany jest na 23 czerwca 2010 r.
Budynek Centrum Nauki Kopernik składać się będzie z dwóch modułów w kształcie litery L o wysokości 12 m. Na terenie dwukondygnacyjnego budynku znajdą się m.in. sale ekspozycyjne, planetarium, laboratoria, kawiarnie, restauracje, sale konferencyjne, pomieszczenia biurowe, magazyny, warsztat.